土壤问题是一个系统性问题，土壤团粒结构、土壤有机质、土壤生物构成了土壤的基础，三者是一个相互作用、相互影响的系统，土壤团粒结构给有机质提供了空间、给土壤生物提供了活动场所，没有团粒结构就谈不上有机质、微生物的富足，同时有机质和微生物又影响着团粒结构的行程与维系，没有富足的有机质和微生物，团粒结构很难持续；土壤有机质必须通过土壤微生物的转化才能供植物吸收和利用，没有微生物，有机质便无法得到转化和利用；微生物的生存、营养来源（食物）又依托于有机质，没有有机质，微生物便无法存活和繁殖。同时，土壤团粒结构、有机质的效率、微生物的生存与活动还受到酸化、盐渍化和重金属等的影响。因此，土壤治理不是一支产品、一个技术便可解决，更是一个综合的系统解决方案，才能让土壤回归自然。
土壤的问题越来越严重，而如果上述的土壤问题得不到很好的解决，及时有再好的肥料，也是无法被作物有效的吸收。