土壤生物指标、土壤物理指标以及土壤化学指标都是土壤质量指标的重要组成部分。随着人们对土壤的认知与了解的不断深入，对土壤的关注不再局限于土壤中的水、气、热、植物营养元素等，对土壤微生物指标也越来越重视。
土壤中微生物的作用主要表现在以下几个方面:
1、土壤中微生物可以形成土壤结构。土壤并不是单纯的土壤颗粒和化肥的简单结合，作为土壤中的活跃成分, 土壤微生物在自己的繁殖过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。
2、土壤中微生物最显著的成效就是分解有机质。比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，以供作物吸收利用；并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
3、土壤中壤微生物还可以分解矿物质。土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾；以供作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。这些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工厂，将土壤中的矿质肥料加工成作物可以吸收利用的形态。
4、土壤中微生物还有固氮作用。氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用将空气中的氮气转化为植物能够利用的固态氮化物，有了这样的土壤微生物，就相当于土壤有了自己的氮肥生产车间了。
5、土壤微生物还可以调节植物的生长。植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养；以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养等促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系，能够抵抗某些病原微生物的致病作用，减轻病虫害的发生；如近年开发的植物促生根际细菌。
土壤微生物对于作物有如此重要的作用，人们在进行农业种植过程中需要有意识的去培养土壤中的有益微生物。如增加一些矿物质为微生物生长所需的常量和微量元素；施用有机肥为微生物生长提供所需的碳源、氮源和能源。很多肥料厂家也在有机肥中添加有益菌或直接生产菌肥来增加有益菌在土壤中的繁殖基数。土壤有益菌的培养仅仅为其提供营养物质和菌种还不够，还需要改良其生存的环境。
具体措施，建议如下：
1、疏松板结的土壤，增加土壤透气性。为需要氧气的微生物（如氨化细菌、固氮菌、根瘤菌等）生长、繁殖提供氧气来源与便利；抑制厌氧微生物（反硝化细菌）的生长、繁殖。
2、调节土壤PH值（即土壤酸碱度）。不同酸碱度的土壤，微生物的类型各异。土壤偏酸性，病源真菌活动旺盛；有害微生物（如巴拿马病、根肿病等根类病害的病原菌）多生长于酸性土壤；土壤呈弱碱性，适合放线菌（能长期分泌定量抗生物质，抑制病害）的生长与繁殖。由于土壤中细菌数量最多（占土壤微生物总量的70~90%），因此只要调节土壤酸碱度才能为土壤有益菌的生长、繁殖提供良好的生存环境，同时抑制有害病菌的生长繁殖，减少作物发病率，最终减少作物损失。
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